본 발명은 Thraustochytrid계 미세조류의 배양방법에 관한 것으로, 더욱 자세하게는 바이오오일 생성능을 가지는 Thraustochytrid계 미세조류를 콩분말이 함유된 배지에서 배양하는 것을 특징으로 하는 Thraustochytrid계 미세조류의 배양방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 바이오오일 생성능을 가지는 Thraustochytrid계 미세조류를 콩분말을 질소원으로 사용하여 배양하여, 효율적이며, 경제적으로 바이오오일을 제조할 수 있다. 또한, 식용가능한 콩분말을 배지로 사용함으로, 배양산물을 식품 및 사료 등의 제조원료로 활용할 수 있다.