본 발명은 바이오디젤을 생산하는 세네데스무스 M001 및 이를 이용한 바이오디젤의 생산방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 세네데스무스 M001은 세네데스무스 균주를 에틸 메탄설포네이트(EMS)로 처리하여 돌연변이를 유도함으로써, 세포 생장률이 증가되고 빠른 생장으로 인해 세포의 분열, 신진대사 및 이산화탄소 고정능이 높아져 생물량 생산성이 높으며, 지질 함량이 높고, 지질 생산성과 지방산 생산성이 높다. 따라서 세네데스무스 M001은 대량배양을 통하여 바이오디젤의 생산성을 증가시킬 수 있어, 바이오에너지의 생산원으로 유용하게 활용될 수 있으며, 이산화탄소 저감, 친환경 연료 개발, 새로운 녹색산업 창출 등에 크게 기여할 수 있을 것으로 생각된다.