본 발명은 세포 내 단백질 간 상호작용을 분석하는 방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로 목적 (bait) 단백질, 제1 형광 단백질 및 CBD (cellulose-binding domain) 단백질로 구성된 제1 융합 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 제1 구조물, 및 표적 (prey) 단백질 및 제2 형광 단백질로 구성된 제2 융합 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 제2 구조물을 포함하는 세포를 제공하고, 상기 융합 단백질을 발현시켜 세포 내에서 봉입체 (inclusion body)를 형성시킨 다음, 형광 단백질의 형광 신호를 측정하여 세포 내 단백질 간 상호작용을 분석하는 방법, 상기 구조물들을 포함하는 세포를 이용하여 목적 단백질과 결합하는 표적 단백질을 분리하는 방법, 상기 세포, 및 상기 구조물을 포함하는 단백질 간 상호작용 분석용 키트에 관한 것이다.