본 발명은 메타게놈 라이브러리로부터 고효율로 유용효소를 탐색하는 방법에 관한 것으로, 더욱 자세하게는 메타게놈 유래 유전자를 양방향 프로모터를 채용한 강제전사 시스템을 이용하여 외래 유전자의 발현을 강제적으로 증가시키고, 전사조절단백질을 기반으로 하는 재설계 유전자회로와 함께 연계하여 사용하는 것을 특징으로 하는 고효율로 유용효소를 탐색하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 기존에 발현효율이 낮아서 목적 유전자의 활성을 직접 탐색하는데 많은 어려움이 있었던 메타게놈 유래 외래 유전자를 양방향 프로모터를 채용한 강제전사 시스템을 이용하여 외래 유전자의 발현을 강제적으로 증가시키고, 전사조절단백질을 기반으로 하는 재설계 유전자회로와 함께 연계하여 사용함으로써, 목적 효소에 의하여 생성된 극미량의 반응산물 조차도 형광 및 항생제 저항성 등 리포터 단백질의 발현을 통하여 감지할 수 있어, 고효율로 목적 유전자의 선별 및 목적 유전자 활성의 정량측정이 가능하다.